Situé dans la mer d'Halmahera, Alyui est la baie la plus à l'ouest de Waigeo, une des quatre îles principales dans le parc national de Raja Ampat. La nature éloignée de la baie d'Alyui fournit à la zone des eaux abritées à l'extérieur de la ceinture cyclone.
Grâce aux températures de l'eau relativement stables, à la bonne qualité de l'eau et à l'abondance des éléments nutritifs, les bacs sont idéalement adaptés à la croissance des huîtres. Plusieurs grands sites de culture de perles se trouvent dans ce cadre magnifique. En plus des huîtres, la région est connue pour le dugong insaisissable, des gousses de dauphin frolicking, primordial regardant Blyth's Hornbills, Flying Brahminy cerfs-volants et White-bellied Sea Eagles.